Moduł administracyjny pozwala na zarządzanie całym systemem SANATOR poprzez globalne ustawienia poszczególnych modułów systemu oraz możliwość definiowania danych słownikowych. Dzięki temu modułowi administrator ma możliwość dowolnego definiowania obiektów, oddziałów, itp. Zarządzanie bazą noclegową pozwala nie tylko na określenie liczby miejsc w poszczególnych pokojach, ale także na zaplanowanie zmian liczby miejsc z dowolnym wyprzedzeniem. Oprócz miejsc bazowych, uwzględniono w systemie także możliwość definiowania dostawek na zadany okres. Każdemu pokojowi przypisać można definiowany przez administratora zestaw cech, takich jak obecność telewizora, telefonu czy kabiny natryskowej. Możliwość przypisywania pokojów do wielu grup jednocześnie powala użytkownikom na wygodne filtrowanie widoków w innych modułach. Zarządzanie bazą zabiegową daje możliwość definiowania dowolnej liczby zakładów przyrodoleczniczych, gabinetów zabiegowych, urządzeń terapeutycznych oraz zabiegów. Ustalając parametry czasowe poszczególnych zabiegów, określa się zasady ich automatycznego planowania. W module administracyjnym określa się też obowiązujące w ośrodku turnusy, rodzaje i grupy skierowań, płatników oraz kontrakty z płatnikami. Istotnym elementem jest katalog produktów i usług wraz z cennikami, w których można zaplanować zmiany cen w zadanych okresach. System posiada także zaawansowany system zarządzania kontami użytkowników i kontroli dostępu. Każdemu z użytkowników administrator może przydzielić dowolną kombinację zdefiniowanych przez siebie zestawów uprawnień, a w razie potrzeby także włączyć lub wyłączyć dostęp do dowolnego elementu interfejsu użytkownika. Dla uzyskania maksymalnej kontroli nad systemem, użytkownicy mogą posiadać różne zestawy uprawnień, w zależności od obiektu, na którym pracują. Wszelkie operacje wykonywane przez użytkowników systemu zapisywane są do logów, dzięki czemu administrator ma możliwość śledzenia ich działań, wyszukując i przeglądając zapisy w bazie danych. Moduł administracyjny pozwala też na szczegółowe zarządzanie uprawnieniami użytkowników na poziomie elementów interfejsu programu. Administrator może dowolnie definiować zestawy uprawnień i przypisywać je operatorom systemu, różnicując prawa pomiędzy obiektami uzdrowiska. Zarządzanie kontami obejmuje także konfigurację haseł, poprzez definicję okresu ważności hasła, jego minimalnej długości oraz wymuszenie na użytkowniku jego zmiany. Domyślna konfiguracja programu czyni zarządzanie hasłami zgodnym z rozporządzeniem MSWiA w sprawie dokumentacji przetwarzania danych osobowych oraz warunków technicznych i organizacyjnych, jakim powinny odpowiadać urządzenia i systemy informatyczne służące do przetwarzania danych osobowych z dnia 29 kwietnia 2004 r.