Moduł planowania zabiegów jest jednym z najpotężniejszych narzędzi systemu SANATOR. Dzięki niemu możliwe staje się wydajne planowanie zabiegów oraz optymalne wykorzystanie bazy zabiegowej. Możliwa jest obsługa pacjentów zameldowanych w obiektach sanatoryjnych, gości hotelowych oraz osób leczących się w trybie ambulatoryjnym. Dzięki danym zawartym w systemie, moduł planowania zabiegów potrafi ograniczyć limity bezpłatnych zabiegów, należnych określonym grupom pacjentów. Podczas planowania można też określić, które zabiegi powinny być przez pacjenta opłacone, co pozwala wyjść poza ograniczenia narzucone przez kontrakty zawarte z płatnikami. Obsługa modułu jest łatwa i intuicyjna. Szybkie wyszukiwanie pacjentów oraz dynamiczne przełączanie się między nimi dodatnio wpływa na wydajność pracy operatora. Moduł został też wyposażony w funkcję odczytu kart zbliżeniowych, umożliwiających natychmiastową identyfikację pacjenta. Sprzężenie z modułem "Gabinet lekarski" daje planiście wgląd w zapisaną przez lekarza ordynację zabiegów. Nowy mechanizm ordynacji dostarcza szczegółowych danych, które mogą posłużyć do automatyzacji procesu planowania. Jednym z kluczowych narzędzi jest automatyczny generator zabiegów, który potrafi wyszukać wolne terminy i zaplanować pacjentowi zabiegi zgodnie z zadanymi parametrami. Mechanizmy szczegółowego definiowania bazy zabiegowej pozwalają wprowadzić do bazy danych informacje o tym, ile zabiegów danego rodzaju może zostać wykonanych każdego dnia, na którym stanowisku zabiegowym wykonywane są określone zabiegi, w jakim obiekcie przyrodoleczniczym są ulokowane dane stanowiska itd. Istnieje możliwość uwzględnienia, czy pewne stanowiska mogą naprzemiennie wykonywać kilka rodzajów zabiegów oraz czy niektóre zabiegi mogą być wykonywane jednocześnie. Definicja zasad balneologii oraz czasów potrzebnych na przejście pomiędzy obiektami, pozwala w połączeniu z innymi parametrami, jak najlepiej zadbać o proces leczenia pacjenta. Aby uczynić działanie programu bardziej elastycznym, wyposażono go w opcje planowania zabiegów ponad dostępną liczbę miejsc oraz planowanie z pominięciem zasad balneologii. Obie te funkcje można uczynić dostępnymi tylko dla wybranych planistów. W razie zmian w bazie zabiegowej, spowodowanych np. absencją terapeuty lub awarią urządzenia, dokonane w niej zmiany automatycznie wpływają na możliwość planowania zabiegów, zarówno ręczną jak i automatyczną. Można także zarezerwować dowolny fragment bazy zabiegowej, aby móc później zaplanować zabiegi w okresie np. przyszłej wizyty grupy pacjentów. Zdefiniowane w module szablony wydruków umożliwiają łatwy wydruk kart zabiegowych oraz zestawień, takich jak na przykład obłożenie bazy zabiegowej.