Moduł "Rozliczenia z płatnikami" został zaprojektowany do generowania w jak najprostszy sposób kompletnych zestawień, niezbędnych przy rozliczeniach z płatnikami takimi jak NFZ, ZUS, KRUS czy biura podróży. Dzięki zaawansowanym funkcjom filtrowania danych obsługiwanym przez przyjazny interfejs użytkownika, generowanie raportów odbywa się w sposób bardzo prosty. Filtry potrzebne do generowania zestawień definiuje się poprzez proste wybieranie z list obiektów, oddziałów, typów skierowań, profili pobytu, dat przyjazdu, wyjazdu oraz wielu innych. Moduł rozliczeń z płatnikami posiada ogromny zestaw przygotowanych szablonów analiz, zestawień i raportów różnego typu, mogących posłużyć do generowania wydruków z danymi, jakie w danej chwili są potrzebne. Niezwykle ważną funkcją wykorzystywaną w rozliczeniach z Narodowym Funduszem Zdrowia jest możliwość automatycznego eksportu danych z systemu SANATOR do programów używanych przy rozliczeniach z oddziałami Funduszu. System nasz obsługuje zarówno eksport do KS-SWD poprzez pliki w formacie XLS, jak też eksport do programu START, komunikując się z nim przy użyciu plików XSP dwukierunkowo, realizując eksport danych i import potwierdzeń.